Os citrinos são sensíveis a vários fungos do género Phytophtora; causadores de doenças como o míldio, podridão das raízes ou gomose.

Na citricultura Algarvia existem algumas variedades que tradicionalmente são mais suscetíveis de cair quando atingem o seu processo de maturação. Neste momento em algumas delas podemos intervir para atenuar o mesmo.

O Projeto ​Milho Amarelo continua a acompanhar o campo onde testa as diferenças entre a sementeira direta e convencional.

Esta é uma fase do ano em que quase todos os pomares de citrinos na região do Algarve se encontram invadidos por este inimigo. Esta é uma espécie bastante fitófaga que se alimenta de mais de 90 espécies de plantas.

​Com a subida das temperaturas começa a aparecer esta praga que, pode ser importante em alguns casos da citricultura. É um microlepidóptero que ataca os rebentos mais jovens dos citrinos.

Neste momento não há praga que preocupe mais os citricultores no Algarve, que a mosca do mediterrâneo - Ceratitis capitata (Fig. 1). Esta praga tem mais de 250 hospedeiros, sendo preferenciais os citrinos e outras fruteiras.​

Apesar de os afídeos não serem considerados praga chave da cultura da vinha, a sua presença tornou-se habitual em algumas regiões do país e a incidência tem alastrado a várias castas.

​Nas variedades de citrinos com sementes são estas as são estas as responsáveis pela síntese de hormonas. Nas variedades partenocárpicas essas hormonas são sintetizadas pelo ovário.

​Tal como as pragas, os fungos causadores de doenças nas árvores de fruto desenvolveram estratégias para sobreviver ao período de repouso vegetativo (é também o mais desfavorável para os próprios fungos).